Schulträger der Otto-Kühne-Schule ist die Otto-Kühne-Schule Godesberg GmbH, die sich im Besitz der Audax Verwaltung GmbH befindet. Deren Gesellschafter sind Nachkommen von Prof. Otto Kühne (1859-1942), der die Schule – nach Gründung des Pädagogiums im Jahre 1883 – als Internatsschule aufgebaut hatte.
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